Como qualquer nova alternativa energética a ser introduzida na matriz de combustíveis em um País, o biodiesel requer investimentos para que se torne competitivo com o combustível convencional, no caso o diesel mineral, no Brasil. A implementação do biodiesel na matriz energética nacional tem componentes de caráter econômico, social e ambiental, sendo, portanto um programa estratégico de governo. De forma a se atingir as metas governamentais de obrigatoriedade do uso da mistura B2 no ano de 2008 e da mistura B5 no ano de 2012, é fundamental que haja produção suficiente para atender esta demanda.

Entretanto como o custo de produção de biodiesel ainda é superior ao do diesel - o custo para a produção de 1 litro de biodiesel é de R$ 1,16, o do diesel é de R$ 0,97 ( Abiove, 2005) - é necessário um investimento do governo não apenas na desoneração de tributos mas também no incentivo a produção. Investidores só serão motivados a investir no biodiesel caso haja sinais de possível lucratividade. Estima-se que será necessário investimento da ordem de US$ 120 milhões na produção.

Vale, entretanto ressaltar a potencialidade de redução de custos de produção que novas alternativas energéticas apresentam. Seja por questões de aumento de escala, maturidade da indústria, infraestrutura, confiança dos investidores e consumidores, se obtém uma redução significativa de custos, resultando no que se chama de "curva de aprendizagem". Só como exemplo, no caso do álcool no Brasil, o custo de produção que era da ordem de 800 US$ /m3 na década de 80 caiu para cerca de 200 US$/m3 no final da década de 90. Evidentemente para tanto foi necessário um investimento inicial significativo por parte do governo.

Desta forma, caso haja determinação semelhante na implantação de um programa de biodiesel no Brasil, pode se esperar uma queda nos seus custos de produção que atualmente ainda são elevados.